mardi 20 décembre 2016

MOVEBANK: l'interface pour l'archivage (inter)national des données de télélocalisation

Divers dispositifs électroniques permettent de marquer les oiseaux de façon à identifier à distance leur localisation précise (la télélocalisation). Ce sont les radio-émetteurs VHF, GLS, GPS ou encore balises satellitaires. Tous les programmes de recherche ayant reçu l'autorisation de déployer ces dispositifs sur des oiseaux par le CRBPO ont l'obligation d'archiver ces données à l'échelle nationale, auprès du CRBPO. Toutefois, il existe une plateforme internationale, coordonnée par l'Institut Max Planck d'Ornithologie, qui a été développée pour fournir ce service d'archivage en ligne: MOVEBANK.
En 2016, le CRBPO et l'Institut Max Planck d'Ornithologie ont passé un accord, définissant que MOVEBANK devient le portail internet dédié en France pour la transmission des données de télélocalisation collectées dans le cadre de programmes personnels autorisés par le CRBPO.
Les intérêts pour les usagers de transmettre leurs données via MOVEBANK sont principalement:
(i) d’archiver leurs données de manière sécurisée, et accessibles en permanence, au travers d’une interface spécifiquement dédiée aux données de télélocalisation; seul l'usager décide de qui peut consulter ses données au travers de la gestion des droits d'accès;
(ii) de bénéficier des outils de visualisation et d’analyse de données développés par MOVEBANK, ainsi que d'un service de référencement de données pour les publications, 
(iii) de satisfaire à l'obligation règlementaire d’archivage national des données auprès du CRBPO; plusieurs fournisseurs de marques électroniques proposent déjà que les données soient automatiquement transmises à l'usager au travers de MOVEBANK. 
(iv) d'intégrer, renforcer et bénéficier de la principale communauté internationale qui travaille avec des données de télélocalisation pour répondre à des enjeux scientifiques et/ou de conservation des animaux et de la nature.

mercredi 7 décembre 2016

Polymorphisme des populations du Grimpereau des bois

2017 marquera la fin du programme national sur le polymorphisme des populations nicheuses du Grimpereau des bois en France, coordonné par Jérôme Fournier. 28 bagueurs répartis sur tout le territoire national ont participé depuis 2011 à ce projet. Les oiseaux ont fait l'objet de plusieurs mesures, aile, tarse, bec, ongle, queue, masse et de photographies de certains points clés de leur plumage. Des plumes ont été prélevées pour une étude génétique complémentaire menée par des collègues du Muséum National d'Histoire Naturelle.

Cliché : J. Fournier (Auvergne)

Près de 300 individus ont été capturés lors de ce programme dans le Nord-Est, l'Ouest, le Jura, le Massif Central, les Alpes, les Pyrénées et la Corse. Des captures complémentaires seront réalisées l'année prochaine dans les forêts du Massif du Jura et dans les forêts de l'Orne et de l'Ille-et-Vilaine pour finaliser le programme.

Indice biométrique construit à partir du premier axe d'une analyse en composante principale basée sur la longueur de l'aile pliée, la longueur du bec, celle de l'ongle et la masse. AL : Alpes, CO : Corse, JU : Jura, MC : Massif Central, NE : Nord-Est, OU : Ouest, PY : Pyrénées

Même si les analyses génétiques et de plumage ne sont pas terminées, il est d'ores-et-déjà possible de faire une première analyse sur le polymorphisme des populations nicheuses du Grimpereau des bois à partir des mesures biométriques. Les oiseaux de Corse sont plus grands que les autres et les oiseaux de l'Ouest plus petits que les autres populations françaises. Les populations restantes (Nord-Est, Jura, Massif-Central et Pyrénées) sont intermédiaires et ne présentent pas de différences entre-elles. La population des Alpes est un peu à part puisqu'elle diffère de celles du Massif Central et du Nord-Est mais pas du Jura, ni des Pyrénées.

lundi 21 novembre 2016

Nouveaux cours pour la qualification


Lors des semaines de qualification des bagueurs (Fort-Vert, Moëze, Vigueirat), plusieurs cours ont été proposés par les examinateurs du CRBPO. Tous les anciens cours ont été entièrement revus, augmentés et illustrés à l'exception des cours additionnels disponibles sur le site du CRBPO "Script Bordereau", "Formule alaire" et "Noeuds" qui seront réactualisés l'année prochaine.

Plusieurs nouveaux cours, largement illustrés de schémas et de photographies, ont été proposés cette année aux qualifiants. Ils seront mis à jour annuellement et ne seront pas disponibles au téléchargement, sauf exception, pour cette raison.


Cours "Examen pratique et théorique de la qualification mention Bagueur généraliste". Il présente les objectifs de la semaine, son organisation et les modalités des évaluations. 16 diapositives.



Nouveau ! Cours "Le CRBPO". Il présente le MNHN, le CRBPO, l'histoire du baguage, le réseau des bagueurs, le PNRO, l'éthique dans le baguage. 23 diapositives.


Cours "Le matériel du bagueur".  Il présente tout le matériel nécessaire pour préparer un site de capture, pour la capture en elle-même, pour la table de baguage, pour baguer et/ou instrumenter un oiseau, pour observer et prélever. 24 diapositives.
Cours "Les techniques de captures". Il présente de manière assez exhaustive toutes les méthodes possibles permettant la capture des oiseaux. 54 diapositives.





Cours "Les bagues et les marques". Il présente toutes les possibilités offertes aux bagueurs pour baguer et marquer un oiseau, y compris les marques électroniques. Les limites éthiques sont également discutées en fin de document. 14 diapositives.



 


Nouveau ! Cours "La biométrie". Il présente les différentes méthodes et techniques utilisées pour mesurer un oiseau de manière précise et répétable. 19 diapositives.







Cours "Les principales stratégies de mue chez les passereaux". Il présente de manière concise les stratégies de mue, la phénologie de la mue et la manière de noter l'âge sur un bordereau. 19 diapositives.




Nouveau ! Cours "Introduction à la zoologie des oiseaux". Il donne des éléments de base sur l'évolution des oiseaux, sur la classification phylogénétique, sur la morphologie, les plumes, le bec, la biologie générale, le squelette, les systèmes respiratoire et circulatoire. 37 diapositives.








mercredi 16 novembre 2016

Captures d'Océanites de Wilson en Terre Adélie

Associés avec une équipe du CNRS de Strasbourg et du Centre Scientifique de Monaco et en collaboration avec le CNRS de Chizé et la Justus-Liebig-Universität de Giessen,  Jérôme Fournier et Frédéric Jiguet initient un projet de recherche sur les déplacements de l'Océanite de Wilson en période de reproduction et d'hivernage à partir d'individus qui seront capturés sur la base Dumont-d'Urville en Terre Adélie.

Cliché : Fabien Petit

L'objectif de cette première campagne de terrain est de tester la capturabilité de cette espèce au sein des petites colonies situées sur l'île des Pétrels. 30 oiseaux reproducteurs seront bagués puis recapturés après 15 jours et 1 mois. Si le taux de recapture est satisfaisant, les oiseaux seront équipés dès l'année prochaine de GPS ou de GLS ce qui permettra de suivre et de comprendre leur déplacement à différentes échelles d'espace et de temps. Jérôme Fournier effectuera un séjour de près de 3 mois (début décembre-fin février) sur la base Dumont-d'Urville gérée par l'Institut Polaire Français.

Site de reproduction de l'Océanite de Wilson sur l'île des Pétrels
Cliché : Jérôme Fournier

Cette espèce est présente sur l'île des Pétrels de novembre à février. Les premières arrivées sont notées début novembre. Le pic d'abondance est atteint début décembre. Le premier accouplement est généralement observé mi-décembre et la première ponte observée fin décembre. La première ponte a lieu généralement fin décembre et la première éclosion fin janvier. Les derniers individus quittent le site tout début mars.

mercredi 2 novembre 2016

Connectivité migratoire à large échelle chez la Rousserolle effarvatte

Photo : R.Provost 13/08/2013 la Possonnière (49)
Un article collaboratif venant de paraître qui utilise les données de baguage et de contrôles/reprises de Rousserolle effarvatte  (Acrocephalus scirpaceus) reproductrices accumulées par les centrales de baguages membre d'EURING (France comprise) pour la période 1933-2014. Sont inclus dans cette analyse des données de géolocalisateurs (GLS) posés sur des nicheurs allemands et tchèques. Le modèle statistique tient également  compte de la taille de la population d'effarvatte de chaque pays ainsi que des densités de population humaine. L'étude met en évidence une forte utilisation de la voie de migration occidentale par les populations d'Europe de l'Ouest mais un nombre absolu plus important de rousserolles empruntant la voie orientale ainsi qu'une migration en boucle (zones de haltes différentes entre la migration post et pré nuptiale) chez de nombreuses populations.

Procházka, P., Hahn, S., Rolland, S., van der Jeugd, H., Csörgő, T., Jiguet, F., Mokwa, T., Liechti, F., Vangeluwe, D. & Korner-Nievergelt, F.: Delineating large-scale migratory connectivity of reed warblers using integrated multistate models. Diversity and Distributions, doi:10.1111/ddi.12502.

Article original en PDF disponible ici :

mercredi 21 septembre 2016

Quels ont été les hivers à mésange noire ?

Mésange noire (Periparus ater) © Jessica Joachim

Lisa Garnier - qui anime l'excellent blog de Vigie-Nature - a mené une enquête sur quand et pourquoi les mésanges noires apparaissent en masse aux mangeoires.
Vous pouvez lire ses découvertes sur le blog: La mésange qui jongle entre mangeoires et conifères.
Vous y constaterez que le SPOL Mangeoire a été mis à contribution pour identifier les hivers où les mésanges noires ont été capturées en masse (seuls les sites pour lesquels les variables d'effort de capture avaient été renseignées ont pu être inclus).

La base de données EURING: quoi ? pour quoi faire ?

EURING (European Union for Bird Ringing) coordonne et gère la base de données EURING Data Bank, qui centralise les données de reprises et de contrôles à distance documentant les mouvements d'oiseaux et leur démographie à l'échelle continentale. L'équipe du bureau d'EURING vient de publier un article décrivant le contenu et illustrant les potentialités de cette base de données. 

Plus de détails dans l'article:

du Feu, C.R., Clark, J.A., Schaub, M., Fiedler, W. & Baillie, S.R. (2016). The EURING databank – a critical tool for continental scale studies of marked birds. Ringing & Migration, 31, 1–18

mercredi 14 septembre 2016

Du SPOL Moineau au stress de la vie urbaine: le projet URBASTRESS financé par l'ANR !

Maintenant, plus d'humains vivent en ville qu'à la campagne. L'environnement urbain, créé par l'Homme, n'est pas toujours propice à une vie saine et sereine. Le moineau domestique coévolue avec nous, et l'environnement que nous façonnons, depuis des milliers d'années. Au moins en Europe, c'est une des espèces animales qui nous est le plus étroitement associée. Mais signal alarmant: dans plusieurs mégalopoles du nord de l'Europe, le moineau domestique décline, au point d'être classé dans la liste rouge des espèces en danger d'extinction en Angleterre. Si cette espèce qui a passé des milliers d'années à nos côtés ne parvient plus à vivre dans notre environnement urbain, c'est que nous avons dû générer des villes où la vie est plus stressante qu'à la campagne.
Le projet URBASTRESS (Influence of urbanization on vertebrate populations: an ecophysiological approach), financé par l'Agence Nationale de la Recherche, va explorer trois sources stress environnementaux qui pourraient être la cause de ces moindres performances physiologiques et démographiques des moineaux urbains: le déficit alimentaire (en particulier protéique pendant la croissance des jeunes), l'exposition aux parasites et l'exposition au bruit.
Ce projet a été initié et est porté par Frédéric Angelier (Centre d'Etudes Biologiques de Chizé - CEBC, Deux-Sèvres), spécialiste de la physiologie du stress et de ses conséquences sur les performances des oiseaux, depuis leur métabolisme jusqu'à leur reproduction. Ce projet bénéficiera des compétences de François Brischoux (CEBC, physiologie du stress), Bruno Michaud (CEBC, suivi de populations expérimentales), Charline Parenteau et Colette Trouvé (CEBC, analyses biologiques), Clotilde Biard (IEES, parasitologie évolutive), Frédéric Jiguet (Vigie-Nature/CESCO, tendances des populations en France, au travers du STOC Points d'écoute), de Pierre-Yves Henry (CRBPO/MECADEV-CESCO, démographie des populations et stress trophique) et du réseau des bagueurs CRBPO réalisant la veille sur le fonctionnement démographique (productivité, survie) des populations de moineau domestique en France depuis plus de 10 ans (au travers du Suivi de Populations d'Oiseaux Locaux ciblé sur le moineau domestique).

Après la glorieuse ère du SPOL Moineau des années 2000, portant sur la parasitologie évolutive de la malaria aviaire, le SPOL Moineau va maintenant contribuer à un grand défi scientifique et sociétal: comprendre ce qui limite la vie des animaux en ville (à démarrer en janvier 2017) !

Du STOC Capture à la démographie des communautés: le projet DEMOCOM financé par l'ANR !

Quand on étudie la dynamique de la biodiversité, on en reste souvent à des changements d'assemblages d'espèces dans un réseau de site, éventuellement pondérées par les abondances de chaque espèce. Mais le fait qu'un communauté s'appauvrisse, ou s'enrichisse, ou se généralise, c'est à la base des individus qui meurent ou qui vont ailleurs, et/ou d'autres qui viennent s'installer pour la première fois sur site. Le projet DEMOCOM (Climate and management effects on community dynamics - developing multispecies demography) relève le défi de comprendre les processus démographiques responsables des dynamiques d'assemblage d'espèces en réponse à l'exploitation par l'Homme des systèmes ou en réponse aux fluctuations climatiques.
Ce projet a été initié et est porté par Olivier Gimenez et son équipe (Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier), spécialistes du développement de nouvelles méthodes de modélisation des processus démographiques et écologiques, et rassemble un consortium national de chercheurs et ingénieurs (CESCO, CEBC, ISEM, ONCFS, MECADEV). Il vient d'être retenu pour financement par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) - ce qui est un fait exceptionnel, l'ANR ne finançant que 5 à 10% des projets soumis. Le CRBPO est impliqué dans ce projet au travers des deux programmes de Suivi Temporel des Oiseaux Communs: le STOC Points d'écoute pour documenter les variations d'abondance des espèces, et le STOC Capture pour documenter la démographie sous-jacente (survie et recrutement local). Ces deux sources d'information seront modélisées conjointement pour en inférer les mécanismes démographiques responsables des effets des changements climatiques sur les tendances de communautés. D'autres partenaires contribueront avec des jeux de données documentant la démographie de communautés de thons, d'oiseaux marins sub-antarctiques et d'ongulés. Pierre-Yves Henry (CRBPO - MECADEV/CESCO) sera en charge de la coordination du 2ème volet de ce projet, la phase d'application de la méthode DEMOCOM aux cas d'école.

Une nouvelle ère de valorisation de nos données du STOC Capture s'ouvre donc pour les 4 ans à venir (à démarrer en janvier 2017) !

mardi 30 août 2016

Retour à l'envoyeur






Un film de 1987 réalisé au CRBPO avec Guy Jarry, Alexandre Czajkowski et ?
Retrouvé sur une VHS dans les locaux du CRBPO





mercredi 24 août 2016

Quand les cigognes blanches franchissent-elles le détroit de Gibraltar ?

Martin et al (2016) ont étudié la date de présence dans la région du détroit de Gibraltar par les cigognes blanches en migration postnuptiale à partir de la base de données d'EURING (qui contient les données des cigognes françaises, transmises annuellement par le CRBPO). Ils posent en particulier la question de la variabilité de la phénologie de migration au cours des 40 dernières années, en fonction des conditions météorologiques de printemps et d'été, et entre populations (essentiellement Espagne, France et Allemagne).
Un des résultats principaux est que globalement, les jeunes (1ère année) migrent de plus en plus tôt: ils atteignaient la région de Gibraltar vers le 19 septembre dans les années 60, et vers le 27 août dans les années 2000 (soit au moins 20 jours plus tôt). Pour les adultes, l'avancement est du même ordre de grandeur, mais avec de fortes variations au cours de la période d'étude (néanmoins, notons que cette catégorie confond adultes et immatures, les immatures ayant une stratégie migratoire très variable).

Pour ce qui concerne les cigognes françaises, la date de franchissement de Gibraltar aurait avancé uniquement chez les juvéniles, et surtout pour le sud de la France, passant de la 1ère quinzaine de septembre à la 2ème quinzaine d'août (cf. figure 2 de l'article).
Un 'fruit' de 40 ans de marquage des cigognes blanches par les bagueurs français !

Référence: Martin, B., Onrubia, A. & Ferrer, M. (2016). Migration timing responses to climate change differ between adult and juvenile white storks across Western Europe. Climate Research, 69, 9–23.

Origines des cigognes blanches (a - juvéniles, b - immatures et adultes) reprises dans la région du détroit de Gibraltar, et utilisées dans cette étude (figure extraite de Martin et al. 2016)


vendredi 22 juillet 2016

Un grand homme de la Conservation... et du baguage nous a quittés: Luc Hoffmann

Nous postons ici l'hommage à Luc Hoffman transmis par la direction de la Tour du Valat



Luc Hoffmann, une vie dédiée à la nature


Luc Hoffmann, initiateur du baguage des Flamants roses (MAVA©)
C’est avec beaucoup de tristesse que nous vous informons que Luc Hoffmann, fondateur de la Tour du Valat, figure emblématique de la connaissance et de la protection de la nature, s’est éteint paisiblement en Camargue le 21 juillet 2016 à l’âge de 93 ans.
Si la Tour du Valat, Station biologique fondée voilà plus de 60 ans, aujourd’hui devenue un institut de recherche pour la conservation des zones humides méditerranéennes, est généralement considérée comme son œuvre maîtresse, on ne compte plus les réalisations de Luc Hoffmann en faveur de la nature : la création du Fonds Mondial pour la Nature (WWF), dont il est un des co-fondateurs ; sa contribution à l’élaboration de la convention de Ramsar, premier traité international portant sur l’environnement et le seul à ce jour consacré à un écosystème particulier : les zones humides ; la création et la gestion à long terme de nombreux espaces protégés de première importance en Europe (Doñana, Hortobágy, Prespa…) et en Afrique (Banc d’Arguin) ; la création de la Fondation MAVA, acteur majeur de la philanthropie environnementale...
Son engagement exceptionnel a été honoré par un grand nombre de distinctions prestigieuses. Voilà encore à peine quelques semaines, la Fondation Prince Albert II de Monaco lui décernait le prix "Biodiversité", pour l'ensemble de ses initiatives en faveur de la protection de la biodiversité.
Luc Hoffmann était un personnage hors du commun, visionnaire, d’une immense générosité et extrêmement attachant. Discret, il écoutait beaucoup et s'exprimait relativement peu hors des occasions que lui donnaient les grandes causes qu’il défendait.
Il a de tous temps été mu par l'avidité de connaître et de comprendre le fonctionnement de la nature, par l'impérieuse nécessité de transmettre ces savoirs pour qu'ils soient partagés et qu'ils irriguent une conservation effective. Guidé par une vision humaniste de la conservation de la nature, qui ne se fasse pas contre les hommes, mais avec eux, son engagement n’avait d’égal que sa modestie.
Mais son héritage le plus important est probablement cette communauté d’hommes et de femmes qui ont mis leurs pas dans les siens, qui partagent la même vision, les mêmes valeurs et qui tissent, en Camargue, dans le bassin méditerranéen et bien au-delà, les liens d’une réconciliation de l’homme avec la nature.

Pour en savoir plus sur l'oeuvre de Luc Hoffmain:

jeudi 14 juillet 2016

Bilan l'étude par baguage sur la migration du Phragmite aquatique en France



Article rédigé par Christine Blaize, coordinatrice du Plan National d'Actions en faveur de la conservation du Phragmite aquatique.

Jusqu'à 2007, le nombre de données de baguage sur le Phragmite aquatique était de 3354 captures (dont 3180 baguages).En 2008, un collectif de bagueurs, avec le CRBPO, a mis en place un thème de recherche dédié à cette espèce : le thème ACROLA. Cette initiative a fortement augmenté les connaissances sur la migration du Phragmite aquatique en France. De 2008 à 2014, 5886 captures (5185 baguages) se sont ajoutées à la base de données (+43%), avec notamment beaucoup de nouvelles informations sur la migration des adultes.
La mobilisation des bagueurs sur ce thème s'est faite en parallèle avec la mise en œuvre du Plan National d’Actions (PNA) en faveur du Phragmite aquatique (2010-2014), dont certaines actions avaient besoin du thème ACROLA pour atteindre leurs objectifs (actions de connaissance 4.1 et 4.2). Le PNA a donc été le cadre pour le développement du thème ACROLA, notamment au travers de sa déclinaison régionale. Le travail commun du PNA avec l'ensemble du réseau des bagueurs a permis une augmentation des connaissances sur les zones de halte migratoire, les habitats utilisés et la biologie de la migration (phénologie, engraissement lors des haltes).
Vous trouverez un bilan chiffré et illustré de ces connaissances sur l'article dédié au programme sur le site internet du CRBPO.
Au niveau international, le statut de l'espèce reste toujours "vulnérable". Les estimations de la population mondiale sont aujourd'hui de 11,000-16,000 mâles chanteurs ou 33,000-48,000 individus au total (BirdLife International, 2016). Le réseau des bagueurs français captant une partie importante du flux de Phragmites aquatiques en migration (la quasi-totalité de la population transite par la France avant de rejoindre les quartiers d'hivernage en Afrique; Jiguet et al. 2011) offre une opportunité unique de documenter les variations interannuelles de succès reproducteur pour l'ensemble de la population mondiale.
Nombres de questions sur la biologie des populations et la conservation de l'espèce restant sans réponse, le thème de recherche par le baguage ACROLA est maintenu. La collecte de données reste nécessaires sur cette espèce, toujours mondialement menacée d'extinction. 

Proportion de jeunes et d’adultes dans les captures de Phragmite aquatique en France (source : Dehorter et CRBPO, 2015)

Références: 

BirdLife International (2016) Species factsheet: Acrocephalus paludicola. Downloaded from http://www.birdlife.org on 17/06/2016. Recommended citation for factsheets for more than one species: BirdLife International (2016) IUCN Red List for birds. Downloaded from http://www.birdlife.org on 17/06/2016

Jiguet, F., Chiron, F., Dehorter, O., Dugué, H., Provost, P., Musseau, R., Guyot, G., Latraube, F., Fontanilles, P., Séchet, E., et al. (2011). How many Aquatic Warblers Acrocephalus paludicola stop over in France during the autumn migration? Acta Ornithol. 46, 135–142.

Jiguet, F., Dehorter, O., Gonin, J., Latraube, F., Le Nevé, A., and Provost, P. (2012). Connaissance de la migration du Phragmite aquatique en France : méthodologie de suivi scientifique et réglementation. CRBPO, Bretagne Vivante – SEPNB, LPO. Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris, France, 13 p.